蒙元用武力消灭南宋，开创了整个汉族被异族统治的先例。大体而言，蒙元的军队包括蒙古军、探马赤军、汉军、新附军。蒙古军是以蒙古人为主体组成的军队，是蒙古统治者的嫡系；探马赤军是从蒙古各千户、万户中抽出担任先锋、镇守等任务的军队，其成员包括色目人及汉人；汉军主要由中国北部、四川局部地区、云南等地方的各族人民组成；新附军主要由南宋降军改编而成。
蒙元的统治集团是以蒙古族为核心的，同样，蒙元的军队也是以蒙古军为核心的。蒙元统治者为了巩固政权，特别重视军权，在全国建立起一整套防卫系统。而蒙古统治者的嫡系军队蒙古军，亦承担起保卫中枢汗廷的宿卫任务及镇守全国各地的镇戍任务。
关于蒙古军在全国各地的镇戍，《元史.兵志二》指出：“世祖之时，海宇混一，然后命宗王将兵镇边徼襟喉之地，而河洛、山东据天下腹心，则以蒙古、探马赤军列大府以屯之。淮、江以南，地尽南海，则名籓列郡，又各以汉军及新附等军戍焉”。这表明，蒙古军在全国的镇戍重点的是北方，而南方则主要由汉军及新附等军镇戍。
蒙古军在北方驻有四大都万户府，分别是：山东河北的蒙古军都万户府置司于濮州、河南淮北的蒙古军都万户府置司于洛阳、四川的蒙古军都万户府置司于成都、陕西的蒙古军都万户府置司于凤翔。
此外，元太祖成吉思汗沿袭分配家族财产的本民族旧俗，大规模分封诸子诸弟。分封的诸子、弟有九人，每人均授与一个王国。诸王可以享有及管理自己的私人部属。成吉思汗去世之后，其继承者继续奉行这一政策。另一方面，随着蒙古帝国对异国不断的征服以及领土不断的开拓，蒙古贵族分配财产的传统又有了新的发展（例如进入中土之后分封的五户丝食邑民等），蒙古异性官僚亦有被封为王者，还形成了宗王出镇制度。
所谓宗王出镇制度，就是元帝分封诸王族或者蒙古异性官僚为王，统兵出外藩屏朝廷。宗王镇戍的地区有漠北前线的北平王、晋王；西北地区的武靖王、西宁王等等，在中枢地区、西南地区、江淮等地区也进行镇戍。
二.蒙古贵族的嫡系军队被摧毁的过程
关于蒙古贵族的嫡系军队被摧毁的过程，本文拟从中枢汗廷、蒙古军都万户府、分封及镇戍诸王等三部分进行阐述。另外，蒙古草原分封、镇戍诸王的情况以及中亚、西亚诸王、汗国的情况，可以参考拙作《探讨蒙古“四大汗国”之谜》、《北元的真相》，本文不再赘述。
（1）中枢汗廷被摧毁的过程
至正十八年十二月，元上都开平被义军关先生、破头潘部攻陷，官阙被焚而成废墟。
至正二十八年闰七月，元大都被北伐的明军徐达部攻陷，元顺帝北逃，监国淮王贴木儿不花被俘杀。
洪武二年（至正二十九年），明将常遇春、李文忠出塞攻陷上都，元顺帝北逃，明军追击百里，俘虏宗王庆孙等万余人。
洪武三年四月，元顺帝卒于应昌，太子爱猷识理达腊即位。五月，明将李文忠攻陷应昌，爱猷识理达腊以数十骑北逃，明军获其子买的里八刺及后、妃、诸王官属数百人，并得宋、元玉玺等物。
洪武十一年，爱猷识里达腊卒。汗位传至脱古思贴木儿。
洪武二十一年四月，明将蓝玉率军在捕鱼儿海袭击了脱古思贴木儿的汗营，俘获其次子地保奴以及后妃公主五十余人、诸王官属近三千、男女七万余，还有马驼牛羊十万，脱古思贴木儿仅与太子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十骑逃遁，脱古思贴木儿与太子天保奴在途中被也速迭儿杀死。脱古思贴木儿死后，与其一起逃亡的元臣捏怯来、失烈门等后来都投降了明朝。
《明史.鞑靼列传》称：“自脱古思帖木儿后，部帅纷拏，五传至坤帖木儿，咸被弑，不复知帝号。有鬼力赤者篡立，称可汗，去国号，遂称鞑靼云。”北元已经灭亡了。 '
（2）蒙古军都万户府被摧毁的过程
山东河北的蒙古军都万户府置司于濮州，隶属济宁路。至正十七年七月，黄河义军万户田丰反元，攻陷了济宁路，另一忠于元廷的义军万户孟本周则击败了田丰，收复了济宁路。至正十八年二月，田丰再次攻陷了济宁路，三月，元将孛罗贴木儿收复濮州。至正二十一年八月，田丰降于元将察罕贴木儿，刺杀了察罕贴木儿之后又再反元，察罕贴木儿的养子扩廓贴木儿杀田丰，控制山东。至正二十七年十一月，义军徐达部进入山东，攻陷了济宁路。
河南淮北的蒙古军都万户府置司于洛阳，隶属河南府。至正十一年，义军王权、张椿等攻陷河南府，后被元军收复。至正十五年，义军刘福通部将赵明达等攻陷洛阳，后败于元将察罕贴木儿。至正二十八年（洪武元年），明将徐达率军攻陷洛阳。
陕西的蒙古军都万户府置司于凤翔。至正十七年十月，义军白不信、李喜喜等围攻凤翔，后被增援的元将察罕贴木儿、李思齐等击败。至正二十九年（洪武二年），明军攻陷凤翔，守将李思齐逃往临兆。
四川的蒙古军都万户府置司于成都。至正十七年，义军明玉珍部攻陷成都，后建立夏国。洪武二年正月，明军伐夏，七月，明将傅友德部占领成都。
（3）中原、大江南北诸王镇所被摧毁的过程
宣靖王买奴，镇益都。至正十七年三月，义军毛贵部攻陷益都路，买奴逃遁。至正十八年三月，义军田丰复陷益都路。至正二十三年十一月，元将扩廓贴木儿收复益都。至正二十七年十一月，义军徐达部攻陷益都。
文济王不花贴木儿，镇大名。至正十七年八月，义军刘福通攻陷大名，九月，元将太不花收复大名。至正二十九年（洪武二年）三月，北伐的明军取得了大名。洪武三年春，明将徐达率军于定西大败扩廓贴木儿，擒文武僚属千八百六十余人，收降将士八万余人。文济王也在这一役中被明军俘虏。
镇南王孛罗不花，镇扬州。至正七年，孛罗不花率军镇压集庆义军，随后，又与威顺王宽彻不花一起镇压靖州义军。至正十五年，招降义军张士诚部。至正十六年三月，驻防扬州的地主武装“青军”首领张明鉴驱逐孛罗不花，孛罗不花遂逃往淮安。至正十七年八月，义军朱元璋遣其将缪大享进攻扬州路，“青军”首领张明鉴投降。
而镇南王孛罗不花则在至正十六年三月在淮安被义军赵君用俘虏，不屈服，与其妻子一起投水死。孛罗不花死后，其子大圣奴袭封镇南王，于至正十九年守信州。义军陈友谅遣其将王奉国率部攻陷信州，大圣奴死亡。
宣让王贴木儿不花，镇庐州。至正十六年，庐州失陷，贴木儿不花北逃。义军左君弼部据庐州，至正二十三年七月，朱元璋派遣徐达率军攻陷庐州。
贴木儿不花回到京师之后，升任淮王监国，至正二十八年闰七月，贴木儿不花在大都被北伐的明军俘杀。
威顺王宽彻不花，镇武昌。宽彻不花于泰定二年三月受封，领怯薛歹五百人，又许自募千人以备宿卫。至正十一年，率领二子别贴木儿、答贴木儿与义军倪文俊作战，兵败，儿子别贴木儿被俘虏。至正十二年，义军攻陷武昌，宽彻不花弃城而逃，元顺帝下诏夺其王印。至正十三年，元军收复武昌汉阳，元顺帝见
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